Τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών Πλήρους Φοίτησης (Full-Time) που προσφέρει η σχολή Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι τα ακόλουθα:

1. Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας (MSc in Management Science and Technology)
2. Επιχειρηματικής Αναλυτικής (MSc in Business Analytics)
3. Διοικητικής των Επιχειρήσεων με διεθνή προσανατολισμό (Master in Business Administration International - MBA International)
4. Διοίκησης Υπηρεσιών: MSc (Master of Science in Services Management)
5. Διοίκησης Επιχειρήσεων: MBA (Master in Business Administration)
6. Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής (Master of Science (MSc) in Accounting and Finance)
   
7. Διεθνούς Ναυτιλίας, Χρηματοοικονομικής και Διοίκησης (MSc in International Shipping, Finance and Management)
8. Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας
9. Marketing & Communication, Specialization in International Marketing
10. Διοίκησης Ανθρώπινου Δυναμικού

Τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών Μερικής Φοίτησης (Part-Time) που προσφέρει η σχολή Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι τα ακόλουθα:

1. Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας (MSc in Management Science and Technology)
2. Επιχειρηματικής Αναλυτικής (MSc in Business Analytics)
3. Διοικητικής των Επιχειρήσεων με διεθνή προσανατολισμό (Master in Business Administration International - MBA International)
4. Δημόσιας Πολιτικής και Διοίκησης
5. Διοίκησης Υπηρεσιών: MSc (Master of Science in Services Management)
6. Διοίκησης Επιχειρήσεων MBA: (Master in Business Administration)
7. Διοίκησης Επιχειρήσεων για Στελέχη (Executive MBA)
8. Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής (Master of Science (MSc) in Accounting and Finance)
9. Διεθνούς Ναυτιλίας, Χρηματοοικονομικής και Διοίκησης (MSc in International Shipping, Finance and Management)
10. Μάρκετινγκ και Επικοινωνίας
11. Διοίκησης Ανθρώπινου Δυναμικού

Τέλος προσφέρονται και Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών σε συνεργασία με άλλα Πανεπιστήμια, τα οποία είναι τα ακόλουθα:

1. MA in Heritage Management (with the University of Kent, UK)
2. Διοίκησης Επιχειρήσεων (Athens MBA), σε συνεργασία με ΕΜΠ